Geri yıkama işlemi, su akışını tersine çevirerek filtreyi temizler. Sistemin geri kalanından gelen temiz su, filtrenin çıkışına yönlendirilirken, aynı anda giriş valfi kapanır ve tahliye valfi açılır. Suyun yukarı doğru akışı kum yatağını genişleterek, sıkışan parçacıkları serbest bırakır ve bu parçacıklar daha sonra tahliye hattından dışarı atılır. Bu işlem manuel olarak gerçekleştirilebilir veya otomatik olarak ayarlanabilir. Otomatik bir sistem, geri yıkama döngüsü için sürekli temiz su temini sağlamak amacıyla en az iki filtre gerektirir.